Christian Lequesne est diplômé de Sciences Po Strasbourg et du Collège d'Europe à Bruges. Il obtient ensuite le doctorat en science politique et l’habilitation à diriger les recherches à Sciences Po, sous la direction du Professeur Alfred Grosser. De septembre 1986 à septembre 1988, il a été assistant au Département des études politiques et administratives au Collège d'Europe à Bruges, Belgique. Entré à Sciences Po en octobre 1988, il a été directeur adjoint du CERI d’octobre 2000 à décembre 2003, puis directeur du CERI de janvier 2009 à janvier 2014. Il a également dirigé le Centre français de recherche en sciences sociales (CEFRES) à Prague de janvier 2004 à août 2006, a été titulaire de la chaire Sciences Po-LSE à la London School of Economics (LSE) de septembre 2006 à août 2008, membre (et vice-président) du conseil de direction de Sciences Po de 2007 à 2013. Il est "visiting professor" régulier à la School of Government de l'Université LUISS à Rome et à la Diplomatische Akademie de Vienne.

Il est responsable au CERI du projet de recherche européen EU-LISTCO.

Co-fondateur et co-rédacteur en chef (avec le Professeur Christopher Hill de Cambridge) de European Review of International Studies (Editions Brill), membre du comités scientifiques de The Hague Journal of Diplomacy, du Journal of European Integration, de Politics in Central Europe et de Politique européenne.

Il a été membre du comité d’évaluation du Conseil européen de la recherche (ERC) en 2017 et 2019 ; du conseil scientifique de l'Institut finlandais des relations internationales. Il est un éditorialiste régulier au quotidien Ouest France ; titulaire de la médaille des sciences sociales F. Palacky de l’Académie des sciences de la République tchèque et chevalier dans l'ordre des Palmes académiques.

Direction de thèses de doctorat en cours : Salih Bora, Gabriel Castillo, Léonard Colomba-Petteng, Catharine Darmon, Di Yang, Earl Wang.

Anciens doctorants ayant soutenu leur thèse sous ma direction : Philippe Rivaud (Bruxelles), Emiliano Grossmann (Professeur, Paris), Sabine Saurugger (Professeur agrégée, Grenoble), Damien Helly (Consultant, Bruxelles), Isabelle Bruno (Maître de conférences, Lille), Elizabeth Sheppard (Maître de conférences, Tours), Stephan Davidshoffer (Assistant, Genève), Samuel Faure (Maître de conférences, Saint-Germain-en-Laye), Charles Sitzenstuhl (conseiller politique du ministre français de l'Economie), Anja Thomas (Max Weber fellow, EUI Florence), Alex Issa (Chargé de cours, Université catholique de Lille), Louis-Simon Boileau (assistant parlementaire, Assemblée nationale).

Direction achevée d'habilitation à diriger des recherches : Christopher Bickerton (Reader, Cambridge), Thierry Chopin (Professeur, Université catholique de Lille), Elsa Tulmets (Université Vidriana), Laure Delcour (maître de conférence, Sorbonne nouvelle); Michal Onderco (Associate Professor, Université de Rotterdam).