Le LIEPP est basé sur quatre centres fondateurs : Le Centre d'Études Européenne (CEE), le Département d'Économie, le Centre de Sociologie des Organisations (CSO) et l'Observatoire Sociologique du Changement (OSC).

Les directeurs de ces unités siègent au Conseil scientifique de LIEPP. Le LIEPP a par ailleurs un partenariat avec le cabinet d'audit KPMG et le cabinet d'expertise Euréval, dans le cadre d'un appel d'offre cadre avec l'Assemblée Nationale. Dans ce cadre, les chercheurs de LIEPP sont amenés à évaluer régulièrement les politiques publiques de l'État dans trois grands domaines :

• Politiques économiques, fiscalité et développement durable (lot 1) ;
• Politiques sociales au sens large incluant des dimensions d'emploi, culturelles, éducatives (lot 2) ;
• Politiques régaliennes : administration de la justice, politiques de sécurité, politiques étrangères ou traitant de questions de gestion publique par l'État, les collectivités territoriales, les établissements publics ou d'autres organismes chargés d'une mission de service public (lot 3).

Dans le cadre du lot 2, le LIEPP mène une étude en cours sur les politiques familiales en Europe, étude est réalisée en partenariat avec l'Observatoire Français des Conjonctures Économiques sous la direction d'Hélène Périvier (OFCE).