Après des études en histoire à la Sorbonne, en science politique à Sciences Po (1972) et en russe à l'INALCO, Jacques Rupnik obtient son M.A en études soviétiques à l'université Harvard (1974) et son doctorat en histoire des relations internationales à l’université Paris 1 (1978). 

Il a été chercheur associé au Russian Research Center à l'université Harvard (1974-1975), spécialiste de l'Europe de l'Est au BBC World Service (1977-1982), directeur exécutif de la Commission internationale pour les Balkans à la Carnegie Endowment for International Peace (1995-1996), membre de l'Independent International Commission on Kosovo (1999-2000) et professeur invité au département du gouvernement de l’université Harvard en 2006, chercheur associé au Center for European Studies.

Il enseigne à Sciences Po (depuis 1982), membre du conseil scientifique de la faculté des sciences sociales de l’université Charles à Prague (depuis 1998), professeur invité au Collège d'Europe à Bruges (depuis 1999) et membre du conseil scientifique de l’Institut des relations internationales à Prague (2007-2017). Co-directeur de la revue trimestrielle Transeuropéennes (1992-2003). Membre du Conseil de l’Institute for Historical Justice and Reconciliation à La Haye (2010-2017).

Jacques Rupnik a été conseiller à la Commission européenne de 2007 à 2013 et conseiller de l'ancien président de la République tchèque Vaclav Havel entre 1990 et 1992. 
 

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• Jacques Rupnik, Natalia Routkevitch. L’Europe centrale à l’heure de Trump. Politique internationale, 2025, 188. ⟨hal-05043575⟩
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• Antoine Marès, Françoise Mayer, Jacques Rupnik (Dir.). L’onde de choc tchécoslovaque. 1968 en Europe médiane et occidentale. Antoine Marès; Françoise Mayer; Jacques Rupnik. Institut d'études slaves, 2020, 9782720406607. ⟨hal-03385163⟩
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• Jacques Rupnik. Senza il muro. Le due Europe dopo il crollo del comunismo. Donzelli editore, 2019, 9788868439194. ⟨hal-03393696⟩
• Jacques Rupnik. Est-Ouest, réalité et relativité d’un clivage. 2019. ⟨hal-03392144⟩
• Milica Popovic, Jacques Rupnik. Yugonostalgia and the return of former state borders. Europa. Un'utopia in costruzione, Istituto dell'Enciclopedia Italiana, 2019. ⟨hal-03393802⟩
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• Jacques Rupnik. Momentous ‘eights’ in Czecho-Slovak history. 2018. ⟨hal-03392708⟩
• Jacques Rupnik. Portrait of Viktor Orbán - Prime Minister of Hungary. 2018. ⟨hal-03392712⟩
• Jacques Rupnik. L’Autre Printemps 1968 - 50 ans après. Introduction au colloque du 24-25 mai 2018. Les Dossiers du CERI, 2018, pp.en ligne. ⟨hal-03471582⟩
• Jacques Rupnik. Variations centre-européennes. Bertrand Badie; Dominique Vidal. Le retour des populismes. L'état du monde 2019, Éditions La Découverte, pp.181 - 188, 2018, 9782348037436. ⟨hal-03393856⟩
• Jacques Rupnik. 1968 Prague Spring at 50. Les Dossiers du CERI, 2018, pp.en ligne. ⟨hal-03393447⟩