Après des études en histoire à la Sorbonne, en science politique à Sciences Po (1972) et en russe à l'INALCO, Jacques Rupnik obtient son M.A en études soviétiques à l'université Harvard (1974) et son doctorat en histoire des relations internationales à l’université Paris 1 (1978).

Il a été chercheur associé au Russian Research Center à l'université Harvard (1974-1975), spécialiste de l'Europe de l'Est au BBC World Service (1977-1982), directeur exécutif de la Commission internationale pour les Balkans à la Carnegie Endowment for International Peace (1995-1996), membre de l'Independent International Commission on Kosovo (1999-2000) et professeur invité au département du gouvernement de l’université Harvard en 2006, chercheur associé au Center for European Studies.

Il enseigne à Sciences Po (depuis 1982), membre du conseil scientifique de la faculté des sciences sociales de l’université Charles à Prague (depuis 1998), professeur invité au Collège d'Europe à Bruges (depuis 1999) et membre du conseil scientifique de l’Institut des relations internationales à Prague (2007-2017). Co-directeur de la revue trimestrielle Transeuropéennes (1992-2003). Membre du Conseil de l’Institute for Historical Justice and Reconciliation à La Haye (2010-2017).

Jacques Rupnik a été conseiller à la Commission européenne de 2007 à 2013 et conseiller de l'ancien président de la République tchèque Vaclav Havel entre 1990 et 1992.