Jean-Philippe Béja est diplômé de Sciences Po et du Centre de formation des journalistes (CFJ). Il est titulaire d’une maîtrise de chinois de l’université Paris 7 et d’un doctorat d’Etudes extrême orientales de l’Ecole pratique des hautes études(6e Section). Il est également titulaire d’un diplôme de littérature chinoise moderne de l’université du Liaoning(Chine).
Il est entré au CNRS et au CERI-Sciences Po en 1975. Co-fondateur de China Perspectives, il a passé huit ans au Centre d’études français sur la Chine contemporaine à Hong Kong et Pékin.
Il dirige des theses à Sciences Po. 
Conseiller de l’Institut de sinologie de Lisbonne (Instituto de Sinologia), il est membre des comités éditoriaux de Perspectives chinoises/China Perspectives, East Asia: An International Journal (New Jersey), The Journal of Contemporary China et de Chinese Cross Currents (Macau).

Il dirige des universités d’été à l'Ecole polytechnique de Lausanne

• Jean-Philippe Béja. Pour Xi Jinping, Joe Biden est plus dangereux que Donald Trump. 2021. ⟨hal-03391740⟩
• Jean-Philippe Béja. Xi Jinping ou le retour du totalitarisme. Revue Esprit, 2020, Aux couleurs de la Chine, 2020/12 (Décembre) (470), pp.41-54. ⟨10.3917/espri.2012.0041⟩. ⟨hal-03048970⟩
• Jean-Philippe Béja. La fin de Hong Kong ?. Revue Esprit, 2020, 466 (juillet-août 2020), pp.35 - 39. ⟨10.3917/espri.2007.0035⟩. ⟨hal-02951050⟩
• Jean-Philippe Béja. La fin de Hong Kong ?. 2020. ⟨hal-03391879⟩
• Joshua Wong, Jean-Philippe Béja. Hong Kong : la voix de la contestation. Politique internationale, 2020, 166 (hiver 2019-2020), pp.195 - 207. ⟨hal-02951051⟩
• Jean-Philippe Béja. Un pays ou deux systèmes ?. Revue Esprit, 2019, 2019/12, pp.9 - 14. ⟨10.3917/espri.1912.0009⟩. ⟨hal-03381043⟩
• Jean-Philippe Béja. Hong Kong : une communauté politique parvenue à maturité. 2019. ⟨hal-02178111⟩
• Jean-Philippe Béja. Xi Jinping's China:On the Road to Neo-totalitarianism. Social Research, 2019, 86 (1 (Spring 2019)), pp.203-230. ⟨10.1353/sor.2019.0009⟩. ⟨hal-02178114⟩
• Jean-Philippe Béja. Les droits de l’homme, un enjeu politique de taille dans la Chine contemporaine. Communications [EHESS], 2019, 2019/1 (104), pp.51-61. ⟨10.3917/commu.104.0051⟩. ⟨hal-02178116⟩
• Jean-Philippe Béja. La Chine de Xi Jinping : en marche vers un fascisme à la chinoise ?. Pouvoirs - Revue française d’études constitutionnelles et politiques, 2019, 2 (169), pp.117 - 128. ⟨10.3917/pouv.169.0117⟩. ⟨hal-02178120⟩
• Jean-Philippe Béja. 1949-2019 : Les Chinois se mettent en mouvement. Mobile / Immobile ? Artistes et chercheurs explorent nos modes de vie, Lienart éditions, pp.28 - 30, 2019, 9782359062601. ⟨hal-02178121⟩
• Jean-Philippe Béja. Writing about the Past : an Act of Resistance. An Overview of Independent Journals and Publications about the Mao Era. Sebastian Veg. Popular Memories of the Mao Era. From Critical Debate to Reassessing History, Hong Kong University Press, pp.21 - 42, 2019, 9789888390762. ⟨hal-02178122⟩
• Jean-Philippe Béja. Le hukou : avec ou sans ?. Tous urbains, 2018, 2018/3 (23), pp.21 - 22. ⟨10.3917/tu.023.0021⟩. ⟨hal-03413589⟩
• Jean-Philippe Béja. Le retour de l’empire du Milieu. Tous urbains, 2018, 2018/3 (23), pp.44 - 46. ⟨10.3917/tu.023.0044⟩. ⟨hal-03399600⟩
• Jean-Philippe Béja. Reform, Repression, Co-Optation: The CCP’s Policy Toward Intellectuals. Willy Wo-Lap Lam. Routledge Handbook of the Chinese Communist Party, Routledge, pp.232 - 247, 2018, 9781138684430. ⟨hal-01931050⟩
• Jean-Philippe Béja. La Chine de Xi Jinping : back to the future ?. [Rapport de recherche] Centre de recherches internationales. 2015, pp.10. ⟨hal-03618445⟩
• Jean-Philippe Béja. Le mouvement des parapluies à Hong Kong : l’affirmation d’une identité politique. 2015. ⟨hal-03392753⟩
• Jean-Philippe Béja. Hong Kong 1997-2014 : consolidation d’une identité politique. Critique : revue générale des publications françaises et étrangères, 2014, 8-9 (807-808), pp.640-654. ⟨10.3917/criti.807.0640⟩. ⟨hal-03399367⟩
• Jean-Philippe Béja. Chine : des menaces sur la prospérité ?. Revue Esprit, 2013, 1, pp.15 - 31. ⟨10.3917/espri.1301.0015⟩. ⟨hal-03415365⟩
• Fu Hualin, Eva Pils, Jean-Philippe Béja (Dir.). Liu Xiaobo, Charter 08 and the Challenges of Political Reform in China. Fu Hualin; Eva Pils; Jean-Philippe Béja. Hong Kong University Press, pp.368, 2012, 9789888139071. ⟨hal-03399939⟩
• Jean-Philippe Béja. Porter la caméra dans la plaie. Wang Bing et le mouvement antidroitier en Chine. Revue Esprit, 2012, 5, pp.130 - 133. ⟨10.3917/espri.1205.0130⟩. ⟨hal-03473816⟩
• Jean-Philippe Béja. I rapporti tra il Partito-Stato e la nascente societa civile in Cina. Alessandra Miranda; Alessandra Spalletta. Il modello Cina, L'asino d'oro edizioni, 2011. ⟨hal-03569430⟩
• Jean-Philippe Béja. Les limites du 'soft power' de la Chine. E-dossiers de l'audiovisuel, 2011, pp.1-10. ⟨hal-01024462⟩
• Jean-Philippe Béja. Un lieu de mémoire dans un continent d'oubli : Hong Kong commémore les 20 ans du massacre du 4 juin. 2009. ⟨hal-01066203⟩
• Jean-Philippe Béja. Le mouvement des droits civiques : un nouvel avatar de l’opposition ?. Droits humains en Chine : Le revers de la médaille, Editions Autrement, pp.112 - 128, 2008. ⟨hal-03570393⟩
• Jean-Philippe Béja. Liu Xiaobo : le retour de la morale. Anne Cheng. La pensée en Chine aujourd’hui, Éditions Gallimard, pp.135 - 158, 2007. ⟨hal-03572709⟩
• Jean-Philippe Béja. An Exception to the Growing Emphasis on Multilateralism: the Case of China’s Policy Towards Hong Kong. Helen Landsowne; Guoguang Wu. China Turns to Multilateralism: Foreign Policy and Regional Security, Routledge, pp.253 - 264, 2007. ⟨hal-03569611⟩
• Jean-Philippe Béja. Hu jintao’s Policy Towards Intellectuals: Enlightenment, Deception, Disappointment. Yushuo Zheng. Challenges and Policy Programmes of China’s New Leadership, City University of Hong Kong Press, pp.567 - 595, 2007. ⟨hal-03569609⟩
• Jean-Philippe Béja. Memoria prohibida, historia non escrita. La difficultad de estructurar un movimiento de posicion en la Republica Popular China. Joaquin Beltran Antolin. Perspectivas Chinas, Edicions Bellaterra, pp.149 - 160, 2006, 9788472903388. ⟨hal-03571789⟩
• Jean-Philippe Béja. Génération perdue. Revue Esprit, 2005. ⟨hal-03573894⟩
• Jean-Philippe Béja. Coup de froid à Pekin. Revue Esprit, 2005. ⟨hal-03568942⟩
• Francesca Cini, Jean-Philippe Béja. Hong Kong en liberté surveillée. Politique internationale, 2005, 106, pp.419 - 440. ⟨hal-03416645⟩
• Jean-Philippe Béja. Forbidden Memory, Unwritten History. 2003. ⟨hal-01065466⟩
• Jean-Philippe Béja. The Fly in the Ointment ? Chinese Dissent and US-China Relations. United States - Asia Relations Today : A New "New World Order"?, Dec 2002, CERI, France. ⟨hal-01052991⟩
• Jean-Philippe Béja. Après le 11 septembre : la Chine, partenaire indispensable ?. 2001. ⟨hal-01065008⟩