Margaux Le Donné est diplômée de l'Institut d'Etudes Politiques de Paris (Sciences Po) et titulaire d'un master de recherche en science politique, mention Théorie politique. Son mémoire de master soutenu en 2014 dirigé par Astrid von Busekist s'intitulait "L'Anthropocène, âge des droits de la nature ? L'écologie politique à la croisée d'une pensée de la nature, de la démocratie et de l'émancipation".